Go to RNAiDB Home Adult Wild-type C. elegans Movie Wild-type C. elegans Movie Wild-type C. elegans Movie Wild-type C. elegans Movie
 
Tell me more about PhenoBlast

PhenoBlast: search the database for similar phenotypic signatures.

Enter a PhenoBlast query:
   Examples: AH6.5, npp-1 (Gene), PF:GL1_4E2, SA:yk331a3, Cenix:T26E3.3 (RNAi)

Signature set: Color set (non-binary signatures only):

Print how many rows of results?


The phenotypic signature contains 47 characters. Comparison included 20 characters.
Total records in database used for comparison = 161 Can't compare character 7 (?); 8 (?); 9 (?); 10 (?); 12 (?); 13 (?); 14 (?); 15 (?); 22 (N/A); 24 (N/A); 25 (N/A); 26 (N/A); 28 (N/A); 29 (N/A); 30 (?); 33 (N/A); 34 (?); 35 (?); 36 (?); 37 (?); 38 (?); 39 (?); 40 (?); 41 (?); 42 (?); 45 (?); 46 (?).

Key:
     = WT ;        = Defect ;        = ? ;        = N/A  
M1 = number of matching non-WT characters; M0 = number of matching WT characters; MA = number of All Matches; LP_M1 = -log probability of matching non-WT character; LP_MA = -log probability of All Matches; REL_LP = RELative -log probabilty to Perfect
# RNAi Expt Gene(s) 1 2 3 4 5 6 7 8 9 1
0
1
1
1
2
1
3
1
4
1
5
1
6
1
7
1
8
1
9
2
0
2
1
2
2
2
3
2
4
2
5
2
6
2
7
2
8
2
9
3
0
3
1
3
2
3
3
3
4
3
5
3
6
3
7
3
8
3
9
4
0
4
1
4
2
4
3
4
4
4
5
4
6
4
7
 M1   M0   MA   LP_M1   LP_MA   REL_LP 
1  PF:GL1_1A12   F22B3.4                                                                                               8 12 20 6.860 7.329 1.000
2  PF:GL1_1C4   pcn-1                                                                                               4 12 16 2.453 2.922 0.289
3  PF:GL1_1D10   ptr-2                                                                                               4 10 14 2.369 2.660 0.247
4  PF:GL1_4G9   emb-27                                                                                               4 3 7 3.343 3.356 0.359
5  PF:GL1_7D6   F54B3.3                                                                                               4 3 7 2.837 3.022 0.305
6  PF:GL1_4E6   plk-1                                                                                               4 2 6 2.837 3.006 0.303
7  PF:GL1_8B10   rpt-2                                                                                               4 1 5 3.343 3.346 0.357
8  PF:GL1_8A9   rpn-7                                                                                               4 1 5 3.343 3.346 0.357
9  PF:GL1_4E9   rpt-5                                                                                               4 1 5 3.343 3.346 0.357
10  PF:GL1_2D1   ruvb-2                                                                                               3 12 15 1.851 2.320 0.192