Go to RNAiDB Home Adult Wild-type C. elegans Movie Wild-type C. elegans Movie Wild-type C. elegans Movie Wild-type C. elegans Movie
 
Tell me more about PhenoBlast

PhenoBlast: search the database for similar phenotypic signatures.

Enter a PhenoBlast query:
   Examples: AH6.5, npp-1 (Gene), PF:GL1_4E2, SA:yk331a3, Cenix:T26E3.3 (RNAi)

Signature set: Color set (non-binary signatures only):

Print how many rows of results?


The phenotypic signature contains 47 characters. Comparison included 2 characters.
Total records in database used for comparison = 161 Can't compare character 3 (?); 4 (?); 5 (?); 6 (?); 7 (?); 8 (?); 9 (?); 10 (?); 11 (?); 12 (?); 13 (?); 14 (?); 15 (?); 16 (?); 17 (?); 18 (?); 19 (?); 20 (?); 21 (?); 22 (?); 23 (?); 24 (?); 25 (?); 26 (?); 27 (?); 28 (?); 29 (?); 30 (?); 31 (?); 32 (?); 33 (?); 34 (?); 35 (?); 36 (?); 37 (?); 38 (?); 39 (?); 40 (?); 41 (?); 42 (?); 43 (?); 44 (?); 45 (?); 46 (?); 47 (?).

Key:
     = WT ;        = Defect ;        = ? ;        = N/A  
M1 = number of matching non-WT characters; M0 = number of matching WT characters; MA = number of All Matches; LP_M1 = -log probability of matching non-WT character; LP_MA = -log probability of All Matches; REL_LP = RELative -log probabilty to Perfect
# RNAi Expt Gene(s) 1 2 3 4 5 6 7 8 9 1
0
1
1
1
2
1
3
1
4
1
5
1
6
1
7
1
8
1
9
2
0
2
1
2
2
2
3
2
4
2
5
2
6
2
7
2
8
2
9
3
0
3
1
3
2
3
3
3
4
3
5
3
6
3
7
3
8
3
9
4
0
4
1
4
2
4
3
4
4
4
5
4
6
4
7
 M1   M0   MA   LP_M1   LP_MA   REL_LP 
1  PF:GL1_4B9   F44F4.2                                                                                               2 0 2 1.447 1.447 1.000
2  PF:GL1_4D4   cgh-1                                                                                               2 0 2 1.447 1.447 1.000
3  PF:GL1_4B4   rpl-11.1                                                                                               2 0 2 1.447 1.447 1.000
4  PF:GL1_3C7   T07G12.8                                                                                               2 0 2 1.447 1.447 1.000
5  PF:GL1_1E4   fem-3                                                                                               2 0 2 1.447 1.447 1.000
6  PF:GL1_1D4   H02I12.1                                                                                               2 0 2 1.447 1.447 1.000
7  PF:GL1_1C8   rme-2                                                                                               2 0 2 1.447 1.447 1.000
8  PF:GL1_1B2   chs-1                                                                                               2 0 2 1.447 1.447 1.000
9  PF:GL1_1A12   F22B3.4                                                                                               2 0 2 1.447 1.447 1.000
10  PF:GL1_1A5   skr-9                                                                                               2 0 2 1.447 1.447 1.000