Go to RNAiDB Home Adult Wild-type C. elegans Movie Wild-type C. elegans Movie Wild-type C. elegans Movie Wild-type C. elegans Movie
 
Tell me more about PhenoBlast

PhenoBlast: search the database for similar phenotypic signatures.

Enter a PhenoBlast query:
   Examples: AH6.5, npp-1 (Gene), PF:GL1_4E2, SA:yk331a3, Cenix:T26E3.3 (RNAi)

Signature set: Color set (non-binary signatures only):

Print how many rows of results?


The phenotypic signature contains 47 characters. Comparison included 23 characters.
Total records in database used for comparison = 161 Can't compare character 18 (?); 19 (?); 20 (?); 22 (?); 23 (?); 24 (?); 25 (?); 26 (?); 28 (?); 29 (?); 32 (?); 34 (?); 35 (?); 36 (?); 37 (?); 38 (?); 39 (?); 40 (?); 41 (?); 42 (?); 43 (?); 44 (?); 45 (?); 46 (?).

Key:
     = WT ;        = Defect ;        = ? ;        = N/A  
M1 = number of matching non-WT characters; M0 = number of matching WT characters; MA = number of All Matches; LP_M1 = -log probability of matching non-WT character; LP_MA = -log probability of All Matches; REL_LP = RELative -log probabilty to Perfect
# RNAi Expt Gene(s) 1 2 3 4 5 6 7 8 9 1
0
1
1
1
2
1
3
1
4
1
5
1
6
1
7
1
8
1
9
2
0
2
1
2
2
2
3
2
4
2
5
2
6
2
7
2
8
2
9
3
0
3
1
3
2
3
3
3
4
3
5
3
6
3
7
3
8
3
9
4
0
4
1
4
2
4
3
4
4
4
5
4
6
4
7
 M1   M0   MA   LP_M1   LP_MA   REL_LP 
1  PF:GL1_5G8   vrk-1                                                                                               9 14 23 7.764 8.445 1.000
2  PF:GL1_6B2   npp-9                                                                                               6 14 20 5.025 5.706 0.613
3  PF:GL1_6A9   K12D12.1                                                                                               5 13 18 4.452 5.017 0.515
4  PF:GL1_1A10   K07A1.2                                                                                               5 13 18 2.682 3.247 0.265
5  PF:GL1_1C3   cyb-3                                                                                               5 12 17 2.906 3.439 0.292
6  PF:GL1_5G12   F33D11.10                                                                                               5 12 17 2.832 3.273 0.268
7  PF:GL1_2G10   tbg-1                                                                                               5 11 16 3.702 4.270 0.409
8  PF:GL1_8F12   T09A5.9                                                                                               5 11 16 3.610 4.107 0.386
9  PF:GL1_4B11   spd-5                                                                                               5 10 15 3.478 4.014 0.373
10  PF:GL1_3E12   C38D4.3                                                                                               4 13 17 2.333 2.982 0.227