Go to RNAiDB Home Adult Wild-type C. elegans Movie Wild-type C. elegans Movie Wild-type C. elegans Movie Wild-type C. elegans Movie
 
Tell me more about PhenoBlast

PhenoBlast: search the database for similar phenotypic signatures.

Enter a PhenoBlast query:
   Examples: AH6.5, npp-1 (Gene), PF:GL1_4E2, SA:yk331a3, Cenix:T26E3.3 (RNAi)

Signature set: Color set (non-binary signatures only):

Print how many rows of results?


The phenotypic signature contains 47 characters. Comparison included 38 characters.
Total records in database used for comparison = 161 Can't compare character 38 (?); 39 (?); 40 (?); 41 (?); 42 (?); 43 (?); 44 (?); 45 (?); 46 (?).

Key:
     = WT ;        = Defect ;        = ? ;        = N/A  
M1 = number of matching non-WT characters; M0 = number of matching WT characters; MA = number of All Matches; LP_M1 = -log probability of matching non-WT character; LP_MA = -log probability of All Matches; REL_LP = RELative -log probabilty to Perfect
# RNAi Expt Gene(s) 1 2 3 4 5 6 7 8 9 1
0
1
1
1
2
1
3
1
4
1
5
1
6
1
7
1
8
1
9
2
0
2
1
2
2
2
3
2
4
2
5
2
6
2
7
2
8
2
9
3
0
3
1
3
2
3
3
3
4
3
5
3
6
3
7
3
8
3
9
4
0
4
1
4
2
4
3
4
4
4
5
4
6
4
7
 M1   M0   MA   LP_M1   LP_MA   REL_LP 
1  PF:GL1_6F11   air-1                                                                                               10 28 38 6.508 7.917 1.000
2  PF:GL1_3G3   C25A1.9                                                                                               8 25 33 4.635 5.970 0.666
3  PF:GL1_4C10   puf-3                                                                                               8 24 32 4.878 5.913 0.657
4  PF:GL1_6E2   taf-5                                                                                               7 26 33 4.698 5.914 0.657
5  PF:GL1_6F10   lin-5                                                                                               7 26 33 4.147 5.363 0.562
6  PF:GL1_1C3   cyb-3                                                                                               7 23 30 3.713 4.761 0.459
7  PF:GL1_2G10   tbg-1                                                                                               7 21 28 4.264 5.354 0.561
8  PF:GL1_3E12   C38D4.3                                                                                               6 25 31 3.701 4.797 0.466
9  PF:GL1_3A1   mbk-2                                                                                               6 25 31 3.551 4.866 0.477
10  PF:GL1_5B8   zyg-11                                                                                               6 22 28 3.746 4.711 0.451